查看原文
其他

我的转录组学习小书

2017-07-19 徐洲更 生信媛

在我刚接触生信的时候,我以为生信就是BLAST和NCBI。直到2016年那个夏天接触到一批RNA-Seq数据,让我感受到高通量数据分析的魅力,于是就开始了我自学生信这条路。

那个时候没有人指导,一切都靠自己摸索。那个时候为了学习RNA-Seq书分析,专门找了RNA Data Analysis这本书去看,看完了两遍,迷迷糊糊还是不懂。 但是在强大的兴趣驱使下,我并没有放弃,坚持了下来。

于是我看了鸟哥的Linux私房菜, 听了马哥的Linux运维课程, 通过网络爬虫入门Python, 在生物统计学课上补充了统计学和R语言, 期间还了解高通量测序的基本概念,看了Bioinformatic Data Skillbiostar handbook 。在如此多的积累之下,终于有一天我感觉自己迈过了生信初学者的门槛,不再像以前那么迷茫了。

为了让自己的知识能够沉淀下来,于是我跟着转录组继续从RNA-Seq数据分析开始,尽量把每一步我所知道的内容都记录下来。

有一天,当我继续把自己的学习笔记抢鲜版的PDF发到我的转录组密友辅导群(我的小密圈好多小伙伴都在学习RNA-Seq,为了感谢他们的支持,所以就专门建立了这个群)时,Y叔说我可以建立一个GitHub repo呀,这样大家就可以共同协作修改了。

于是我花了大概7个的番茄钟的时间把我之前的git学习笔记复习了一遍,然后用七牛云+极简图床解决了图片的问题, 就把我的学习笔记上传到GitHub上了,欢迎访问https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics。阅读原文可直达。


简单的git笔记,可略去

  • 创建一个GitHub账号

  • 认证Git Remotes

    # 本地创建SSH keys ssh-keygen -b 2048 cat ~/.ssh/id_rsa.pub

    将结果复制到GitHub设置的SSH and GPG keys

# 验证 ssh -T git@github.com # 看到下面信息表示没有问题 Warning: Permanently added the RSA host key for IP address '192.30.255.112' to the list of known hosts. Hi xuzhougeng! You've successfully authenticated, but GitHub does not provide shell access.
  • 在GitHub上建立一个仓库,

  • 复制仓库地址

  • 将项目克隆到本地

    git clone git@github.com:xuzhougeng/Learn-Bioinformatics.git # 查看远程信息 git remote -v


这里的origin约定习俗表示为主要的远程仓库的命名,毕竟一个本地仓库可以推送到多个远程仓库

  • 准备本地的内容

    # 先准备要推送的内容 touch Initing-the-Environment.md # 把写好的内容复制进去,然后查看状态 git status # 告诉git要进行追踪的文件 git add Initing-the-Environment.md git status # 提交改动 gti commit -m "lesson 1" git status
  • 提交到GitHub

    git push origin master


  • 在GitHub看最终效果


目前我在微信更新了3篇笔记,这些内容都会同步到我的GitHub上,然后我的第四篇笔记也已经上传到了GitHub上。

(伪)从零开始学转录组:软件安装

(伪)从零开始学转录组:读文章拿到测序数据

转录组入门(3):了解fastq测序数据


您可能也对以下帖子感兴趣

文章有问题?点此查看未经处理的缓存