画一个火山图

这是以前学习ggplot2的时候，自己调制的火山图。

纪念一下。

使用ggplot2画框架

使用ggrepel来打标签

1. library(ggplot2)

2. library(ggrepel)

准备数据，以及打标签用的数据

1. data <- allDiff

2. data$significant <- as.factor(data$P.Value<0.05 & abs(data$logFC) > 1)

3. data$gene <- rownames(data)

正式画图

1. ggplot(data=data, aes(x=logFC, y =-log10(P.Value),color=significant)) +

2.  geom_point(alpha=0.8, size=1.2)+

3.  scale_color_manual(values =c("black","red"))+

4.  labs(title="Volcanoplot", x="log2 (fold change)",y="-log10 (q-value)")+

5.  theme(plot.title = element_text(hjust = 0.4))+

6.  geom_hline(yintercept = -log10(0.05),lty=4,lwd=0.6,alpha=0.8)+

7.  geom_vline(xintercept = c(1,-1),lty=4,lwd=0.6,alpha=0.8)+

8.  #theme(legend.position='none')

9.  theme_bw()+

10.  theme(panel.border = element_blank(),

11.  panel.grid.major = element_blank(),

12.  panel.grid.minor = element_blank(),

13.  axis.line = element_line(colour = "black")) +

14.  geom_text(data=subset(data, abs(logFC) > 3), aes(label=gene),col="red",alpha = 1)

15.  geom_text_repel(data=subset(data, abs(logFC) > 3), aes(label=gene),col="black",alpha = 0.8)

感觉很像火山崩发啊。