画一张热图

画热图，用pheatmap

如果看过这个帖子，

给自己一个全新的 R 语言环境

就可以这样直接安装和加载

1. BiocInstaller::biocLite("pheatmap")

2. library(pheatmap)

制作一个分组信息 exprSet是表达矩阵，diffLab是差异基因列表

1. heatdata <- exprSet[rownames(diffLab),]

2. annotation_col <- data.frame(class)

3. rownames(annotation_col) <- colnames(heatdata)

正式画图

1. #如果注释出界，可以通过调整格子比例和字体修正

2. pheatmap(heatdata, #热图的数据

3.  cluster_rows = TRUE,#行聚类

4.  cluster_cols = TRUE,#列聚类，可以看出样本之间的区分度

5.  annotation_col =annotation_col, #标注样本分类

6.  annotation_legend=TRUE, # 显示注释

7.  show_rownames = F,# 显示行名

8.  scale = "row", #以行来标准化，这个功能很不错

9.  color =colorRampPalette(c("blue", "white","red"))(100),#调色

10.  #filename = "heatmap_F.pdf",#是否保存

11.  cellwidth = 80, cellheight = 0.2,# 格子比例

12.  fontsize = 10)

最后图片是这个样子的