查看原文
其他

mlr3:嵌套重抽样

阿越就是我 医学和生信笔记 2023-02-25


主要包括4个部分的内容,今天学习第二部分。

  • 模型调优

  • 调整超参数

    • 方法一:通过`tuninginstancesinglecrite`和`tuner`训练模型

    • 方法二:通过`autotuner`训练模型

    • 超参数设定的方法

    • 参数依赖

  • 嵌套重抽样

    • 进行嵌套重抽样

    • 评价模型

    • 把超参数应用于模型

  • Hyperband调参

  • 特征选择

    • filters

    • 计算分数

    • 计算变量重要性

    • 组合方法(wrapper methods)

    • 自动选择

嵌套重抽样

既有外部重抽样,也有内部重抽样,彼此嵌套,可以很好的解决过拟合问题,得到更加稳定的模型。

对于概念不清楚的可以自行百度学习,就不在这里赘述了。

可使用下图帮助理解:

进行嵌套重抽样

内部使用4折交叉验证:

rm(list = ls())

library(mlr3verse)
library(mlr3tuning)

learner <- lrn("classif.rpart")
resampling <- rsmp("cv", folds = 4)
measure <- msr("classif.ce")
search_space <- ps(cp = p_dbl(lower = 0.001, upper = 0.1))
terminator <- trm("evals", n_evals = 5)
tuner <- tnr("grid_search", resolution = 10)

at <- AutoTuner$new(learner, resampling, measure, terminator, tuner,search_space)

外部使用3折交叉验证:

task <- tsk("pima")
outer_resampling <- rsmp("cv", folds = 3)

rr <- resample(task, at, outer_resampling, store_models = T)
## INFO  [20:51:33.072] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart.tuned' on task 'pima' (iter 3/3) 
## INFO  [20:51:33.094] [bbotk] Starting to optimize 1 parameter(s) with '<TunerGridSearch>' and '<TerminatorEvals> [n_evals=5, k=0]' 
## INFO  [20:51:33.096] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:33.102] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:33.106] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:33.119] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:33.131] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:33.143] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:33.156] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:33.174] [bbotk] Result of batch 1: 
## INFO  [20:51:33.175] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:33.175] [bbotk]  0.012  0.2519531        0      0             0.04 
## INFO  [20:51:33.175] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:33.175] [bbotk]  0758955e-fa36-4f81-88c6-76a7175cc14c 
## INFO  [20:51:33.175] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:33.182] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:33.185] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:33.198] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:33.210] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:33.222] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:33.239] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:33.258] [bbotk] Result of batch 2: 
## INFO  [20:51:33.259] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:33.259] [bbotk]  0.089  0.2636719        0      0             0.03 
## INFO  [20:51:33.259] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:33.259] [bbotk]  6555ef8e-faa6-4673-8bed-2afcd8845e08 
## INFO  [20:51:33.260] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:33.266] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:33.270] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:33.282] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:33.294] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:33.305] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:33.318] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:33.337] [bbotk] Result of batch 3: 
## INFO  [20:51:33.338] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:33.338] [bbotk]  0.067  0.2519531        0      0             0.02 
## INFO  [20:51:33.338] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:33.338] [bbotk]  f621d4cb-3168-48ba-8353-54a9cad824de 
## INFO  [20:51:33.339] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:33.345] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:33.349] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:33.361] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:33.374] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:33.386] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:33.399] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:33.419] [bbotk] Result of batch 4: 
## INFO  [20:51:33.420] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:33.420] [bbotk]  0.023  0.2480469        0      0             0.04 
## INFO  [20:51:33.420] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:33.420] [bbotk]  580ad0d0-3c1b-4307-986f-7522f5373c7d 
## INFO  [20:51:33.421] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:33.428] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:33.431] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:33.444] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:33.456] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:33.472] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:33.484] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:33.503] [bbotk] Result of batch 5: 
## INFO  [20:51:33.504] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:33.504] [bbotk]  0.078  0.2636719        0      0             0.04 
## INFO  [20:51:33.504] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:33.504] [bbotk]  c296d2bb-a989-4839-a6c0-9f0cc07952e7 
## INFO  [20:51:33.507] [bbotk] Finished optimizing after 5 evaluation(s) 
## INFO  [20:51:33.507] [bbotk] Result: 
## INFO  [20:51:33.508] [bbotk]     cp learner_param_vals  x_domain classif.ce 
## INFO  [20:51:33.508] [bbotk]  0.023          <list[2]> <list[1]>  0.2480469 
## INFO  [20:51:33.528] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart.tuned' on task 'pima' (iter 1/3) 
## INFO  [20:51:33.551] [bbotk] Starting to optimize 1 parameter(s) with '<TunerGridSearch>' and '<TerminatorEvals> [n_evals=5, k=0]' 
## INFO  [20:51:33.552] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:33.558] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:33.562] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:33.574] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:33.586] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:33.598] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:33.610] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:33.628] [bbotk] Result of batch 1: 
## INFO  [20:51:33.629] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:33.629] [bbotk]  0.078    0.28125        0      0             0.03 
## INFO  [20:51:33.629] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:33.629] [bbotk]  04026d47-855c-4db5-8668-56a9ea1625f6 
## INFO  [20:51:33.630] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:33.636] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:33.640] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:33.652] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:33.664] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:33.681] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:33.693] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:33.713] [bbotk] Result of batch 2: 
## INFO  [20:51:33.713] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:33.713] [bbotk]  0.067  0.2871094        0      0             0.03 
## INFO  [20:51:33.713] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:33.713] [bbotk]  8d4b8536-d360-4da5-a3cd-aa030728ef07 
## INFO  [20:51:33.714] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:33.721] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:33.724] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:33.736] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:33.748] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:33.760] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:33.772] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:33.792] [bbotk] Result of batch 3: 
## INFO  [20:51:33.793] [bbotk]   cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:33.793] [bbotk]  0.1    0.28125        0      0             0.02 
## INFO  [20:51:33.793] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:33.793] [bbotk]  479564cb-312e-4f30-8879-bd198a57a60e 
## INFO  [20:51:33.794] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:33.800] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:33.804] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:33.816] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:33.828] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:33.841] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:33.853] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:33.874] [bbotk] Result of batch 4: 
## INFO  [20:51:33.875] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:33.875] [bbotk]  0.089    0.28125        0      0             0.03 
## INFO  [20:51:33.875] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:33.875] [bbotk]  c27a8bb6-68bf-436e-9a44-959adc485d2e 
## INFO  [20:51:33.875] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:33.885] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:33.889] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:33.901] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:33.913] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:33.925] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:33.937] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:33.956] [bbotk] Result of batch 5: 
## INFO  [20:51:33.957] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:33.957] [bbotk]  0.023  0.2949219        0      0             0.04 
## INFO  [20:51:33.957] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:33.957] [bbotk]  a47f52d1-3225-4898-b755-3c360b74365d 
## INFO  [20:51:33.960] [bbotk] Finished optimizing after 5 evaluation(s) 
## INFO  [20:51:33.960] [bbotk] Result: 
## INFO  [20:51:33.961] [bbotk]     cp learner_param_vals  x_domain classif.ce 
## INFO  [20:51:33.961] [bbotk]  0.078          <list[2]> <list[1]>    0.28125 
## INFO  [20:51:33.982] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart.tuned' on task 'pima' (iter 2/3) 
## INFO  [20:51:34.004] [bbotk] Starting to optimize 1 parameter(s) with '<TunerGridSearch>' and '<TerminatorEvals> [n_evals=5, k=0]' 
## INFO  [20:51:34.005] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:34.012] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:34.015] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:34.028] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:34.040] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:34.053] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:34.066] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:34.087] [bbotk] Result of batch 1: 
## INFO  [20:51:34.088] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:34.088] [bbotk]  0.023  0.2382812        0      0             0.02 
## INFO  [20:51:34.088] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:34.088] [bbotk]  4b196172-eab1-4adc-aaa2-12b51dca7b06 
## INFO  [20:51:34.088] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:34.095] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:34.098] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:34.110] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:34.122] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:34.134] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:34.146] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:34.166] [bbotk] Result of batch 2: 
## INFO  [20:51:34.167] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:34.167] [bbotk]  0.089  0.2617188        0      0             0.02 
## INFO  [20:51:34.167] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:34.167] [bbotk]  531313fe-9a50-4402-bda8-c4b773c989e4 
## INFO  [20:51:34.167] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:34.174] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:34.177] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:34.189] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:34.202] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:34.214] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:34.227] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:34.247] [bbotk] Result of batch 3: 
## INFO  [20:51:34.248] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:34.248] [bbotk]  0.078  0.2617188        0      0             0.03 
## INFO  [20:51:34.248] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:34.248] [bbotk]  d5d914f0-0808-49e6-adce-7c5f0898d306 
## INFO  [20:51:34.249] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:34.256] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:34.259] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:34.271] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:34.284] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:34.299] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:34.311] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:34.331] [bbotk] Result of batch 4: 
## INFO  [20:51:34.331] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:34.331] [bbotk]  0.034  0.2421875        0      0             0.01 
## INFO  [20:51:34.331] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:34.331] [bbotk]  b49f1619-d251-4464-8efe-48f32373d753 
## INFO  [20:51:34.332] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:34.339] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:34.342] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:34.354] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:34.366] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:34.378] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:34.391] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:34.411] [bbotk] Result of batch 5: 
## INFO  [20:51:34.412] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:34.412] [bbotk]  0.012  0.2382812        0      0             0.02 
## INFO  [20:51:34.412] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:34.412] [bbotk]  375b973a-a946-4c77-94f7-451b29f07cb6 
## INFO  [20:51:34.415] [bbotk] Finished optimizing after 5 evaluation(s) 
## INFO  [20:51:34.415] [bbotk] Result: 
## INFO  [20:51:34.416] [bbotk]     cp learner_param_vals  x_domain classif.ce 
## INFO  [20:51:34.416] [bbotk]  0.023          <list[2]> <list[1]>  0.2382812

这里演示的数据集比较小,大数据可以使用并行化技术,将在后面介绍。

评价模型

提取内部抽样的模型表现:

extract_inner_tuning_results(rr)
##    iteration    cp classif.ce learner_param_vals  x_domain task_id
## 1:         1 0.078  0.2812500          <list[2]> <list[1]>    pima
## 2:         2 0.023  0.2382812          <list[2]> <list[1]>    pima
## 3:         3 0.023  0.2480469          <list[2]> <list[1]>    pima
##             learner_id resampling_id
## 1: classif.rpart.tuned            cv
## 2: classif.rpart.tuned            cv
## 3: classif.rpart.tuned            cv

提取内部抽样的存档:

extract_inner_tuning_archives(rr)
##     iteration    cp classif.ce x_domain_cp runtime_learners           timestamp
##  1:         1 0.078  0.2812500       0.078             0.03 2022-02-27 20:51:33
##  2:         1 0.067  0.2871094       0.067             0.03 2022-02-27 20:51:33
##  3:         1 0.100  0.2812500       0.100             0.02 2022-02-27 20:51:33
##  4:         1 0.089  0.2812500       0.089             0.03 2022-02-27 20:51:33
##  5:         1 0.023  0.2949219       0.023             0.04 2022-02-27 20:51:33
##  6:         2 0.023  0.2382812       0.023             0.02 2022-02-27 20:51:34
##  7:         2 0.089  0.2617188       0.089             0.02 2022-02-27 20:51:34
##  8:         2 0.078  0.2617188       0.078             0.03 2022-02-27 20:51:34
##  9:         2 0.034  0.2421875       0.034             0.01 2022-02-27 20:51:34
## 10:         2 0.012  0.2382812       0.012             0.02 2022-02-27 20:51:34
## 11:         3 0.012  0.2519531       0.012             0.04 2022-02-27 20:51:33
## 12:         3 0.089  0.2636719       0.089             0.03 2022-02-27 20:51:33
## 13:         3 0.067  0.2519531       0.067             0.02 2022-02-27 20:51:33
## 14:         3 0.023  0.2480469       0.023             0.04 2022-02-27 20:51:33
## 15:         3 0.078  0.2636719       0.078             0.04 2022-02-27 20:51:33
##     batch_nr warnings errors      resample_result task_id          learner_id
##  1:        1        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
##  2:        2        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
##  3:        3        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
##  4:        4        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
##  5:        5        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
##  6:        1        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
##  7:        2        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
##  8:        3        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
##  9:        4        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 10:        5        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 11:        1        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 12:        2        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 13:        3        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 14:        4        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 15:        5        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
##     resampling_id
##  1:            cv
##  2:            cv
##  3:            cv
##  4:            cv
##  5:            cv
##  6:            cv
##  7:            cv
##  8:            cv
##  9:            cv
## 10:            cv
## 11:            cv
## 12:            cv
## 13:            cv
## 14:            cv
## 15:            cv

可以看到和上面的结果是不一样的哦,每一折都有5次迭代,这就和我们设置的参数有关系了。

查看外部重抽样的模型表现:

rr$score()[,9]
##    classif.ce
## 1:  0.2460938
## 2:  0.2656250
## 3:  0.2890625

查看平均表现:

rr$aggregate()
## classif.ce 
##  0.2669271

把超参数应用于模型

at$train(task)
## INFO  [20:51:34.578] [bbotk] Starting to optimize 1 parameter(s) with '<TunerGridSearch>' and '<TerminatorEvals> [n_evals=5, k=0]' 
## INFO  [20:51:34.580] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:34.587] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:34.590] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:34.603] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:34.616] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:34.629] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:34.642] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:34.660] [bbotk] Result of batch 1: 
## INFO  [20:51:34.660] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:34.660] [bbotk]  0.045       0.25        0      0             0.02 
## INFO  [20:51:34.660] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:34.660] [bbotk]  c7c8bda8-3435-45db-8950-d316cde2cf0a 
## INFO  [20:51:34.661] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:34.668] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:34.671] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:34.684] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:34.700] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:34.711] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:34.724] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:34.743] [bbotk] Result of batch 2: 
## INFO  [20:51:34.744] [bbotk]   cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:34.744] [bbotk]  0.1  0.2682292        0      0             0.02 
## INFO  [20:51:34.744] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:34.744] [bbotk]  313d9692-68fc-4010-978f-e8aed3183c0e 
## INFO  [20:51:34.745] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:34.751] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:34.755] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:34.767] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:34.779] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:34.792] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:34.804] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:34.825] [bbotk] Result of batch 3: 
## INFO  [20:51:34.825] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:34.825] [bbotk]  0.067  0.2552083        0      0             0.05 
## INFO  [20:51:34.825] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:34.825] [bbotk]  6e4a5402-b0f7-4753-9b4e-9148943c0d96 
## INFO  [20:51:34.826] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:34.833] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:34.836] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:34.852] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:34.864] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:34.876] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:34.888] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:34.907] [bbotk] Result of batch 4: 
## INFO  [20:51:34.908] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:34.908] [bbotk]  0.089  0.2682292        0      0             0.03 
## INFO  [20:51:34.908] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:34.908] [bbotk]  c2bcd001-218b-4d5b-a3fe-040f757ecdf3 
## INFO  [20:51:34.909] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:34.915] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:34.919] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:34.931] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:34.944] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:34.956] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:34.970] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:34.990] [bbotk] Result of batch 5: 
## INFO  [20:51:34.991] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:34.991] [bbotk]  0.012  0.2434896        0      0             0.04 
## INFO  [20:51:34.991] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:34.991] [bbotk]  fdca679b-4117-4d26-974c-26509cba1d9d 
## INFO  [20:51:34.993] [bbotk] Finished optimizing after 5 evaluation(s) 
## INFO  [20:51:34.994] [bbotk] Result: 
## INFO  [20:51:34.994] [bbotk]     cp learner_param_vals  x_domain classif.ce 
## INFO  [20:51:34.994] [bbotk]  0.012          <list[2]> <list[1]>  0.2434896

现在模型就可以应用于新的数据集了。

以上过程也是有简便写法的,但是需要注意,这里的mlr3tuning需要用github版的,cran版的还有bug,不知道修复了没:

rr1 <- tune_nested(
  method = "grid_search",
  resolution = 10,
  task = task,
  learner = learner,
  inner_resampling = resampling,
  outer_resampling = outer_resampling,
  measure = measure,
  term_evals = 20,
  search_space = search_space
  )
## INFO  [20:51:35.045] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart.tuned' on task 'pima' (iter 1/3) 
## INFO  [20:51:35.067] [bbotk] Starting to optimize 1 parameter(s) with '<TunerGridSearch>' and '<TerminatorEvals> [n_evals=20, k=0]' 
## INFO  [20:51:35.069] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:35.075] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:35.079] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:35.091] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:35.103] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:35.115] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:35.128] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:35.145] [bbotk] Result of batch 1: 
## INFO  [20:51:35.146] [bbotk]   cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:35.146] [bbotk]  0.1  0.2578125        0      0             0.01 
## INFO  [20:51:35.146] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:35.146] [bbotk]  80577e6f-8f05-4c37-b5ef-134057641a2a 
## INFO  [20:51:35.147] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:35.154] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:35.157] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:35.170] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:35.182] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:35.194] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:35.207] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:35.230] [bbotk] Result of batch 2: 
## INFO  [20:51:35.231] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:35.231] [bbotk]  0.034  0.2578125        0      0             0.03 
## INFO  [20:51:35.231] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:35.231] [bbotk]  4ee26d60-fd52-4092-9dce-e76256898fb5 
## INFO  [20:51:35.232] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:35.238] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:35.242] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:35.254] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:35.266] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:35.278] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:35.291] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:35.311] [bbotk] Result of batch 3: 
## INFO  [20:51:35.312] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:35.312] [bbotk]  0.001  0.2832031        0      0             0.04 
## INFO  [20:51:35.312] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:35.312] [bbotk]  b1fbb284-6124-4b56-aa19-8e74a0e444be 
## INFO  [20:51:35.312] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:35.319] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:35.323] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:35.335] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:35.348] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:35.360] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:35.373] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:35.396] [bbotk] Result of batch 4: 
## INFO  [20:51:35.397] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:35.397] [bbotk]  0.023  0.2734375        0      0             0.05 
## INFO  [20:51:35.397] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:35.397] [bbotk]  ea1b6bff-ca1b-47f0-8297-363cd92bac23 
## INFO  [20:51:35.397] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:35.404] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:35.407] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:35.419] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:35.431] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:35.443] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:35.456] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:35.475] [bbotk] Result of batch 5: 
## INFO  [20:51:35.476] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:35.476] [bbotk]  0.078  0.2578125        0      0             0.03 
## INFO  [20:51:35.476] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:35.476] [bbotk]  1dd96aca-e602-44ce-91b6-3f74c3dad71d 
## INFO  [20:51:35.477] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:35.484] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:35.487] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:35.500] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:35.512] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:35.525] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:35.541] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:35.560] [bbotk] Result of batch 6: 
## INFO  [20:51:35.561] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:35.561] [bbotk]  0.067  0.2578125        0      0             0.04 
## INFO  [20:51:35.561] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:35.561] [bbotk]  4a0910ae-8c83-4359-af5b-f78d61228ab1 
## INFO  [20:51:35.562] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:35.568] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:35.571] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:35.584] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:35.596] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:35.608] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:35.620] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:35.641] [bbotk] Result of batch 7: 
## INFO  [20:51:35.642] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:35.642] [bbotk]  0.012  0.2910156        0      0             0.01 
## INFO  [20:51:35.642] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:35.642] [bbotk]  57d4c50c-659a-4cb3-a2ac-ba46685d0ce2 
## INFO  [20:51:35.643] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:35.650] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:35.653] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:35.666] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:35.678] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:35.690] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:35.706] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:35.725] [bbotk] Result of batch 8: 
## INFO  [20:51:35.726] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:35.726] [bbotk]  0.089  0.2578125        0      0             0.01 
## INFO  [20:51:35.726] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:35.726] [bbotk]  8155a3ea-3ce3-4b7c-8df0-c9e98fe87096 
## INFO  [20:51:35.727] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:35.733] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:35.736] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:35.748] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:35.760] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:35.772] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:35.785] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:35.805] [bbotk] Result of batch 9: 
## INFO  [20:51:35.806] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:35.806] [bbotk]  0.056  0.2578125        0      0             0.03 
## INFO  [20:51:35.806] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:35.806] [bbotk]  795783dc-cc4d-44e4-938c-49eb43ddc814 
## INFO  [20:51:35.807] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:35.813] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:35.817] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:35.829] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:35.874] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:35.888] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:35.900] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:35.920] [bbotk] Result of batch 10: 
## INFO  [20:51:35.921] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:35.921] [bbotk]  0.045  0.2578125        0      0             0.04 
## INFO  [20:51:35.921] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:35.921] [bbotk]  5fe8732f-9047-43fb-9f51-b2805e245fda 
## INFO  [20:51:35.924] [bbotk] Finished optimizing after 10 evaluation(s) 
## INFO  [20:51:35.924] [bbotk] Result: 
## INFO  [20:51:35.925] [bbotk]   cp learner_param_vals  x_domain classif.ce 
## INFO  [20:51:35.925] [bbotk]  0.1          <list[2]> <list[1]>  0.2578125 
## INFO  [20:51:35.945] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart.tuned' on task 'pima' (iter 2/3) 
## INFO  [20:51:35.968] [bbotk] Starting to optimize 1 parameter(s) with '<TunerGridSearch>' and '<TerminatorEvals> [n_evals=20, k=0]' 
## INFO  [20:51:35.969] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:35.976] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:35.979] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:35.992] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:36.004] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:36.016] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:36.029] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:36.047] [bbotk] Result of batch 1: 
## INFO  [20:51:36.047] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:36.047] [bbotk]  0.089  0.2597656        0      0             0.02 
## INFO  [20:51:36.047] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:36.047] [bbotk]  d91839a4-f116-4314-bdba-f6ac7b1c522c 
## INFO  [20:51:36.052] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:36.061] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:36.065] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:36.077] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:36.090] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:36.102] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:36.114] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:36.133] [bbotk] Result of batch 2: 
## INFO  [20:51:36.134] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:36.134] [bbotk]  0.056  0.2597656        0      0             0.03 
## INFO  [20:51:36.134] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:36.134] [bbotk]  ab912dd5-08ab-44aa-9a1d-8b5ce074eb13 
## INFO  [20:51:36.135] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:36.142] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:36.145] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:36.158] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:36.170] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:36.182] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:36.194] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:36.214] [bbotk] Result of batch 3: 
## INFO  [20:51:36.215] [bbotk]   cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:36.215] [bbotk]  0.1  0.2636719        0      0             0.04 
## INFO  [20:51:36.215] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:36.215] [bbotk]  9568b45d-fb79-44b0-8406-11af967fbb8f 
## INFO  [20:51:36.216] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:36.222] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:36.226] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:36.238] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:36.250] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:36.262] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:36.280] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:36.303] [bbotk] Result of batch 4: 
## INFO  [20:51:36.303] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:36.303] [bbotk]  0.067  0.2519531        0      0             0.02 
## INFO  [20:51:36.303] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:36.303] [bbotk]  5c06d6a7-ca4a-4f21-85f5-99bd6708166f 
## INFO  [20:51:36.304] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:36.311] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:36.314] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:36.326] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:36.338] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:36.351] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:36.363] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:36.383] [bbotk] Result of batch 5: 
## INFO  [20:51:36.384] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:36.384] [bbotk]  0.045  0.2558594        0      0             0.02 
## INFO  [20:51:36.384] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:36.384] [bbotk]  0c659322-58b5-4533-a9b2-0656e3440c8a 
## INFO  [20:51:36.384] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:36.391] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:36.395] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:36.407] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:36.420] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:36.432] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:36.445] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:36.471] [bbotk] Result of batch 6: 
## INFO  [20:51:36.472] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:36.472] [bbotk]  0.001  0.2675781        0      0             0.05 
## INFO  [20:51:36.472] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:36.472] [bbotk]  7c690a3e-0a40-4644-8f78-d82448b220f8 
## INFO  [20:51:36.472] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:36.479] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:36.483] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:36.495] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:36.507] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:36.519] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:36.531] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:36.551] [bbotk] Result of batch 7: 
## INFO  [20:51:36.552] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:36.552] [bbotk]  0.078  0.2597656        0      0             0.01 
## INFO  [20:51:36.552] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:36.552] [bbotk]  e7ac0c70-0aaa-4127-9044-48650b9d0f71 
## INFO  [20:51:36.553] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:36.559] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:36.563] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:36.576] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:36.588] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:36.600] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:36.613] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:36.633] [bbotk] Result of batch 8: 
## INFO  [20:51:36.634] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:36.634] [bbotk]  0.034  0.2558594        0      0             0.04 
## INFO  [20:51:36.634] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:36.634] [bbotk]  6bb79880-9b17-4ed7-832b-1d8782ba1472 
## INFO  [20:51:36.635] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:36.641] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:36.645] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:36.657] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:36.675] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:36.688] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:36.700] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:36.720] [bbotk] Result of batch 9: 
## INFO  [20:51:36.721] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:36.721] [bbotk]  0.012       0.25        0      0             0.03 
## INFO  [20:51:36.721] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:36.721] [bbotk]  b3b225e5-de05-4f40-8847-2b709a9b07ba 
## INFO  [20:51:36.721] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:36.728] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:36.732] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:36.745] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:36.757] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:36.769] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:36.782] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:36.801] [bbotk] Result of batch 10: 
## INFO  [20:51:36.802] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:36.802] [bbotk]  0.023  0.2597656        0      0             0.02 
## INFO  [20:51:36.802] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:36.802] [bbotk]  232394d3-a9a2-48b2-b012-afb796c993b6 
## INFO  [20:51:36.805] [bbotk] Finished optimizing after 10 evaluation(s) 
## INFO  [20:51:36.805] [bbotk] Result: 
## INFO  [20:51:36.806] [bbotk]     cp learner_param_vals  x_domain classif.ce 
## INFO  [20:51:36.806] [bbotk]  0.012          <list[2]> <list[1]>       0.25 
## INFO  [20:51:36.827] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart.tuned' on task 'pima' (iter 3/3) 
## INFO  [20:51:36.850] [bbotk] Starting to optimize 1 parameter(s) with '<TunerGridSearch>' and '<TerminatorEvals> [n_evals=20, k=0]' 
## INFO  [20:51:36.851] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:36.861] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:36.866] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:36.880] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:36.892] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:36.904] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:36.916] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:36.933] [bbotk] Result of batch 1: 
## INFO  [20:51:36.934] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:36.934] [bbotk]  0.089  0.2441406        0      0             0.02 
## INFO  [20:51:36.934] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:36.934] [bbotk]  52c0b642-a12d-4dad-822f-e59b61907d2e 
## INFO  [20:51:36.935] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:36.942] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:36.945] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:36.957] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:36.970] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:36.982] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:36.995] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:37.014] [bbotk] Result of batch 2: 
## INFO  [20:51:37.015] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:37.015] [bbotk]  0.034       0.25        0      0             0.03 
## INFO  [20:51:37.015] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:37.015] [bbotk]  11841250-c15b-4860-9a14-03a575396f7d 
## INFO  [20:51:37.016] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:37.023] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:37.026] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:37.038] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:37.054] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:37.069] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:37.082] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:37.101] [bbotk] Result of batch 3: 
## INFO  [20:51:37.102] [bbotk]   cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:37.102] [bbotk]  0.1  0.2441406        0      0                0 
## INFO  [20:51:37.102] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:37.102] [bbotk]  41e89a1e-fce3-4fa5-a8f6-1ef2da7699bf 
## INFO  [20:51:37.103] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:37.110] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:37.113] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:37.125] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:37.137] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:37.150] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:37.162] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:37.182] [bbotk] Result of batch 4: 
## INFO  [20:51:37.183] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:37.183] [bbotk]  0.023  0.2617188        0      0             0.04 
## INFO  [20:51:37.183] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:37.183] [bbotk]  0b687b2b-f4e9-40f0-8f7c-fc163653baf2 
## INFO  [20:51:37.184] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:37.190] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:37.194] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:37.206] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:37.218] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:37.235] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:37.249] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:37.269] [bbotk] Result of batch 5: 
## INFO  [20:51:37.270] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:37.270] [bbotk]  0.067  0.2441406        0      0             0.03 
## INFO  [20:51:37.270] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:37.270] [bbotk]  cd9643f8-bcfe-40f3-adf6-c6ba9ad7c866 
## INFO  [20:51:37.270] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:37.277] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:37.280] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:37.292] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:37.304] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:37.316] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:37.329] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:37.349] [bbotk] Result of batch 6: 
## INFO  [20:51:37.350] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:37.350] [bbotk]  0.045  0.2441406        0      0             0.03 
## INFO  [20:51:37.350] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:37.350] [bbotk]  e8e65bcc-da0f-4048-b4e3-97f022670221 
## INFO  [20:51:37.351] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:37.357] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:37.361] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:37.373] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:37.386] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:37.398] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:37.417] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:37.437] [bbotk] Result of batch 7: 
## INFO  [20:51:37.438] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:37.438] [bbotk]  0.001  0.2832031        0      0             0.03 
## INFO  [20:51:37.438] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:37.438] [bbotk]  efc6f90a-70ca-4b7c-8868-18e9d194bae9 
## INFO  [20:51:37.439] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:37.445] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:37.448] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:37.460] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:37.472] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:37.484] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:37.497] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:37.517] [bbotk] Result of batch 8: 
## INFO  [20:51:37.517] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:37.517] [bbotk]  0.078  0.2441406        0      0             0.04 
## INFO  [20:51:37.517] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:37.517] [bbotk]  ab79d8ea-fee4-49aa-a1b2-ba67ba3766a9 
## INFO  [20:51:37.518] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:37.525] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:37.528] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:37.541] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:37.553] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:37.566] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:37.585] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:37.605] [bbotk] Result of batch 9: 
## INFO  [20:51:37.606] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:37.606] [bbotk]  0.012  0.2675781        0      0             0.04 
## INFO  [20:51:37.606] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:37.606] [bbotk]  0b549169-2d69-442c-98ce-d20651a2d46e 
## INFO  [20:51:37.606] [bbotk] Evaluating 1 configuration(s) 
## INFO  [20:51:37.613] [mlr3] Running benchmark with 4 resampling iterations 
## INFO  [20:51:37.616] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 3/4) 
## INFO  [20:51:37.628] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 2/4) 
## INFO  [20:51:37.640] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 1/4) 
## INFO  [20:51:37.652] [mlr3] Applying learner 'classif.rpart' on task 'pima' (iter 4/4) 
## INFO  [20:51:37.665] [mlr3] Finished benchmark 
## INFO  [20:51:37.684] [bbotk] Result of batch 10: 
## INFO  [20:51:37.685] [bbotk]     cp classif.ce warnings errors runtime_learners 
## INFO  [20:51:37.685] [bbotk]  0.056  0.2441406        0      0             0.02 
## INFO  [20:51:37.685] [bbotk]                                 uhash 
## INFO  [20:51:37.685] [bbotk]  a289e821-a615-414e-a68f-ba66ed39508b 
## INFO  [20:51:37.688] [bbotk] Finished optimizing after 10 evaluation(s) 
## INFO  [20:51:37.688] [bbotk] Result: 
## INFO  [20:51:37.689] [bbotk]     cp learner_param_vals  x_domain classif.ce 
## INFO  [20:51:37.689] [bbotk]  0.089          <list[2]> <list[1]>  0.2441406

这个rr1本质上和rr是一样的,

print(rr1)
## <ResampleResult> of 3 iterations
## * Task: pima
## * Learner: classif.rpart.tuned
## * Warnings: 0 in 0 iterations
## * Errors: 0 in 0 iterations
print(rr)
## <ResampleResult> of 3 iterations
## * Task: pima
## * Learner: classif.rpart.tuned
## * Warnings: 0 in 0 iterations
## * Errors: 0 in 0 iterations

查看内部抽样表现:

extract_inner_tuning_results(rr1)
##    iteration    cp classif.ce learner_param_vals  x_domain task_id
## 1:         1 0.100  0.2578125          <list[2]> <list[1]>    pima
## 2:         2 0.012  0.2500000          <list[2]> <list[1]>    pima
## 3:         3 0.089  0.2441406          <list[2]> <list[1]>    pima
##             learner_id resampling_id
## 1: classif.rpart.tuned            cv
## 2: classif.rpart.tuned            cv
## 3: classif.rpart.tuned            cv

提取归档资料:

extract_inner_tuning_archives(rr1)
##     iteration    cp classif.ce x_domain_cp runtime_learners           timestamp
##  1:         1 0.100  0.2578125       0.100             0.01 2022-02-27 20:51:35
##  2:         1 0.034  0.2578125       0.034             0.03 2022-02-27 20:51:35
##  3:         1 0.001  0.2832031       0.001             0.04 2022-02-27 20:51:35
##  4:         1 0.023  0.2734375       0.023             0.05 2022-02-27 20:51:35
##  5:         1 0.078  0.2578125       0.078             0.03 2022-02-27 20:51:35
##  6:         1 0.067  0.2578125       0.067             0.04 2022-02-27 20:51:35
##  7:         1 0.012  0.2910156       0.012             0.01 2022-02-27 20:51:35
##  8:         1 0.089  0.2578125       0.089             0.01 2022-02-27 20:51:35
##  9:         1 0.056  0.2578125       0.056             0.03 2022-02-27 20:51:35
## 10:         1 0.045  0.2578125       0.045             0.04 2022-02-27 20:51:35
## 11:         2 0.089  0.2597656       0.089             0.02 2022-02-27 20:51:36
## 12:         2 0.056  0.2597656       0.056             0.03 2022-02-27 20:51:36
## 13:         2 0.100  0.2636719       0.100             0.04 2022-02-27 20:51:36
## 14:         2 0.067  0.2519531       0.067             0.02 2022-02-27 20:51:36
## 15:         2 0.045  0.2558594       0.045             0.02 2022-02-27 20:51:36
## 16:         2 0.001  0.2675781       0.001             0.05 2022-02-27 20:51:36
## 17:         2 0.078  0.2597656       0.078             0.01 2022-02-27 20:51:36
## 18:         2 0.034  0.2558594       0.034             0.04 2022-02-27 20:51:36
## 19:         2 0.012  0.2500000       0.012             0.03 2022-02-27 20:51:36
## 20:         2 0.023  0.2597656       0.023             0.02 2022-02-27 20:51:36
## 21:         3 0.089  0.2441406       0.089             0.02 2022-02-27 20:51:36
## 22:         3 0.034  0.2500000       0.034             0.03 2022-02-27 20:51:37
## 23:         3 0.100  0.2441406       0.100             0.00 2022-02-27 20:51:37
## 24:         3 0.023  0.2617188       0.023             0.04 2022-02-27 20:51:37
## 25:         3 0.067  0.2441406       0.067             0.03 2022-02-27 20:51:37
## 26:         3 0.045  0.2441406       0.045             0.03 2022-02-27 20:51:37
## 27:         3 0.001  0.2832031       0.001             0.03 2022-02-27 20:51:37
## 28:         3 0.078  0.2441406       0.078             0.04 2022-02-27 20:51:37
## 29:         3 0.012  0.2675781       0.012             0.04 2022-02-27 20:51:37
## 30:         3 0.056  0.2441406       0.056             0.02 2022-02-27 20:51:37
##     iteration    cp classif.ce x_domain_cp runtime_learners           timestamp
##     batch_nr warnings errors      resample_result task_id          learner_id
##  1:        1        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
##  2:        2        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
##  3:        3        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
##  4:        4        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
##  5:        5        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
##  6:        6        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
##  7:        7        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
##  8:        8        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
##  9:        9        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 10:       10        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 11:        1        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 12:        2        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 13:        3        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 14:        4        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 15:        5        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 16:        6        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 17:        7        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 18:        8        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 19:        9        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 20:       10        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 21:        1        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 22:        2        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 23:        3        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 24:        4        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 25:        5        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 26:        6        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 27:        7        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 28:        8        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 29:        9        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
## 30:       10        0      0 <ResampleResult[22]>    pima classif.rpart.tuned
##     batch_nr warnings errors      resample_result task_id          learner_id
##     resampling_id
##  1:            cv
##  2:            cv
##  3:            cv
##  4:            cv
##  5:            cv
##  6:            cv
##  7:            cv
##  8:            cv
##  9:            cv
## 10:            cv
## 11:            cv
## 12:            cv
## 13:            cv
## 14:            cv
## 15:            cv
## 16:            cv
## 17:            cv
## 18:            cv
## 19:            cv
## 20:            cv
## 21:            cv
## 22:            cv
## 23:            cv
## 24:            cv
## 25:            cv
## 26:            cv
## 27:            cv
## 28:            cv
## 29:            cv
## 30:            cv
##     resampling_id

查看模型表现:

rr1$aggregate()
## classif.ce 
##  0.2682292

rr1$score()
##                 task task_id         learner          learner_id
## 1: <TaskClassif[49]>    pima <AutoTuner[41]> classif.rpart.tuned
## 2: <TaskClassif[49]>    pima <AutoTuner[41]> classif.rpart.tuned
## 3: <TaskClassif[49]>    pima <AutoTuner[41]> classif.rpart.tuned
##            resampling resampling_id iteration              prediction
## 1: <ResamplingCV[19]>            cv         1 <PredictionClassif[20]>
## 2: <ResamplingCV[19]>            cv         2 <PredictionClassif[20]>
## 3: <ResamplingCV[19]>            cv         3 <PredictionClassif[20]>
##    classif.ce
## 1:  0.2539062
## 2:  0.2578125
## 3:  0.2929688

注意,使用tune_nested()之后,并没有提供方法应用于新的数据集,在咨询开发者之后,得到的说法是:tune_nested()是一种评估算法在整个数据集中的表现的方法,不是用于挑选合适的超参数的方法。重抽样过程会产生很多超参数组合,不应该用于模型中。


以上就是今天的内容,希望对你有帮助哦!欢迎点赞、在看、关注、转发

欢迎在评论区留言或直接添加我的微信!




欢迎关注我的公众号:医学和生信笔记

医学和生信笔记 公众号主要分享:1.医学小知识、肛肠科小知识;2.R语言和Python相关的数据分析、可视化、机器学习等;3.生物信息学学习资料和自己的学习笔记!

您可能也对以下帖子感兴趣

文章有问题?点此查看未经处理的缓存