还不知道如何将16S rRNA序列提交至NCBI获取Genbank号？我教你吖
“ 当我们的论文内容中涉及到了与细菌的鉴定有关的工作时，编辑或者在同行评审过程中总会要求您将需要在文章中补充细菌的16S rRNA在NCBI中的Genbank号。那么，我们怎么将自己测序得到的16S序列上传至NCBI数据库以获得登录号呢？今天，小编带大家从头到尾梳理一遍！”
01 在线上传
网站：NCBI官网（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）
上传的序列格式：FASTA格式
需要大家提前注册自己的个人账号并确认自己电子邮件等信息以便查看后续的总体进度！！！
具体上传流程如下：
1）点击首页Submit选项，选择其中的16S rRNA，然后在弹出的窗口中点击GenBank；
2）点击创建一个New submission，然后进入到提交页面；
3）完成第一项：提交数据的类型，我们提交的是细菌的16S rRNA，所以选择以下选项，点击Continue（标有*为必填项，其他为选填项，下同）；
4）第二项是提交人信息，大家根据自己的个人信息进行填写即可（如果你在个人账户中已经补充了相应的信息，系统会自动将其补充到这里面）（填写如果有误，点击Continue不会跳到下一个选项并会提示你那个选项填的不符合要求，按照提示更正后继续点击Continue即可）；
5）第三项需要填写的是序列测序的一些信息，大家一般菌种鉴定选择Sanger dideoxy sequencing即可，装配信息呢，如果测的是半长（750 bp左右）选择Unassembled sequence reads，全长（1500 bp左右）就选择Assembled sequences；
6）第四项是序列文件上传及一些序列信息的选择。第一个是问你序列信息什么时候公开，不是什么保密工作的情况下一般都选择处理完成后立即公开，因为审稿过程中有的审稿人会查看的；下一个是询问之前你是否对你的序列进行嵌合体检查（细菌进化过程中基因序列发生交换或水平转移等情况，是天然存在的，也有可能因个人操作产生污染），我们统一选择No；下一个询问你菌种的来源，培养或非培养获得，根据个人情况选择即可；然后点击Choose file上传你的序列（注：使用FASTA格式在TXT文档编写即可，可同时上传多条16S序列）；点击Continue后会在顶部弹出一个进度条，结束后会返回这个页面，再次点击Continue即可；
7）第五步则是填一些菌株的信息。Organism写你比对后的属名就行，Strain则是你菌的株名，如果你提交多条序列，此时会显示一个表格，按照表头的题目进行填写就行；
8）第六步则补充一些文章和作者信息，一般填写提交者名称即可，文章信息有的情况下进行补充，没有就选择未发表；
9）来到最后一步，这一步其实就是对你前面几步所填写信息的检查，无误情况下直接点击提交即可。
10）我们可以在My submissions中实时关注自己序列处理进展，如果序列无误，最后NCBI会通过您的邮件将GenBank号发送到您的邮箱，您也可以在My submissions查看登录号。
02 线下提交
线下提交核酸序列其实是一种不常用的方式，当我们遇到NCBI官网打不开或者无法在官网完成提交时，或者我们提交的是批量而且比较复杂的序列时
才会选择这种方式。
线下提交我们需要用到一个序列提交软件——sequin（大家自行在网上获取哈，或者联系小编获取），使用该软件将我们的序列数据进行处理后，通过邮件将我们的处理数据发送给NCBI即可完成提交，下面我们看一下具体流程：
1）打开sequin软件，点击开始一个新的提交（当然您也可以编辑已保存文件）；
2）填写必要的信息：title、author、联系方式及机构信息等，后面默认选Next;
3）添加序列：准备FASTA文件，可以选择上传单个序列或者批量上传多条序列：
4）添加必要的序列信息：
5）信息核对并保存文件为后缀为sqn格式的文件；当然，我们也可以再次使用这个软件打开刚保存的文件进行信息修改。
6）最后我们只需要把保存后的格式为.sqn的文件通过邮件发送到gb-sub@ncbi.nlm.nih.gov就可以了，如果你的序列没有问题过一段时间就能拿到GenBank号了。
以上就是今天所有的内容，希望对您有所帮助！！！
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