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y表示对x的每个元素进行判断，判断是否在y中存在，存在返回TRUE，不存在返回FALSE，生成了一个逻辑值向量。用这个逻辑值向量对表达矩阵和分组信息分别取子集就可以啦！

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就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~

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68去掉na的情况仅仅适用于当前场景，有一个更加普适的方式，就是直接对所有的行名取交集，然后再各自取子集，合并library(tinyarray)n

我就在想，我们有的时候从网站或者paper中复制内容，粘贴到R中，还需要我们手动去分离，做成字符串。当然，如果要做成数据框的话，就更加麻烦了，需要多次手动复制粘贴

你中招了没之前看过这样一个说法：现代人都有三大绝症：知识焦虑症，松鼠病和懒癌。看到高大上的东西，你很想学习，却无从下手，于是焦虑。你搜集很多资料，却只屯不用，这叫“松鼠病”。至于懒癌，害，不说了。花花小经历大学时，花花的ppt很出色。除了请我帮忙修改的，还有的人或许因为不熟，不好意思开口要我帮忙，就只好找我要模板，然而，太嗨的模版你可能驾驭不了，模版要了不少，ppt却得不到任何提升。做ppt，你缺的从来不是模板！而是审美，排版，整体化，封面设计，动画优化等等。这5个词一出，立马就筛掉了一群人。为什么？高大上，我想学，好难算了（此处省略一万个理由）我学不会。后来我开了淘宝店，装修店面要学设计，又有人问，你有模板吗？好在我学会游泳，就没人问资料的事了，只问，你报班了吗？o0两年前我学生信了，还是有人只是问，有资料吗？为什么大家总要找别人成功的客观原因呢？有资料没有用，你为学习付出的努力和时间才是最重要的！不明觉厉有啥用！大家发现了么，对于自己不明觉厉的东西，你就是只会膜拜一下，收藏资料，却不会动手去学！你有一种错觉，找到资料≈你会了！造成这种现状的原因是什么？是难度太高，目标太远，无从下手，所以你在拖延，或者默默放弃了。直到今天，你遇见了我们1.学生信，你需要什么？一大堆资料？这是很多人的误区。百度网盘里，躺着一些靠转发朋友圈和群聊得到的过期过时资料，你只是觉得资料好或者多，存下来！不适合你的资料，留着没用。经验帖？你看得到别人的成就，却看不到他们走过的弯路，弯路往往会被一笔带过，一个英文标点，一个报错就可能废掉你一下午。抱个大腿，不停地问问题？与人交流，本质是资源的互换，而不是一味的索取，会把人问烦的。生信的问题很多需要背景知识，一两句话说不清楚，没有经过自己系统的学习，得到三言两语的解答，可能也没办法搞定。没什么捷径，只能是踏踏实实的自己学，学会了就是自己的，多学一个技能，就少说一句求人的话。好吧，言归正传。最理想的情况应该是：长期计划+短期计划+入门教程+基础指导+学习平台+学习方法+同水平小伙伴+监督机制2.哪里有这么好的事？当然是生信星球啦！先看看我们的经历吧：豆豆是2017年六月知道了生物信息学这个词，十二月份在一个转录组项目的逼迫下才真正开始学习，并从此转向生信，每天学习（不过也没耽误陪伴花花）。被熏陶了半年后，长期做实验的花花也在2018年五月份也正式开始系统学习生信啦！这叫近朱者赤。是个很好的开始。由于花花喜欢讲课，在硕士期间就和现在的老板说好，毕业后入职做生信讲师。2018年5月，我们注册了微信公众号“生信星球”，分享生信学习记录，两人轮流更新，直到现在。一个偶然的机会，豆豆提出要开一个10人以内的学习小组，一方面督促自己学习，另一方面带动小白。他把这个想法跟我一说，可以说是一拍即合，在师姐呼朋唤友的支持下，马上就跌跌撞撞办了起来。我们从新手而来，最懂新手的痛！请不要毫无目的的来“试试”。我们是认真的，希望你的努力对得起我们的付出。3.学习小组的介绍每期收6-10人，学习周期为7天。长期接受报名。（为保证质量，只收6-10人，满额则转入下一期）组成微信群，更新我们精心整理的、详细的操作教程，并进行vip指导和答疑，学习监督。由豆豆和花花管理，计划每隔一周开一期。你将获得：正确的生信学习打开方式如何搜索可用的学习资料零基础入门学习计划长期学习平台搭建练习数据、练习服务器和相关资料（如果只想要这个，只关注公众号就好）相互监督的学习伙伴（未来生信讲师的）二对一精准答疑(以前写的是未来生信讲师，现在去掉“未来”，因为我已经是啦。）完成的学员可以加入生信星球优秀学员群，长期助力生信学习我们的目的：初衷是为了一边督促自己学习，一边了解初学者会遇到的问题，为后面的培训做准备，现在这个目的已经达到了，因为一直有人报名，我们就一直办到了现在~我们根据学习小组成员提出的问题，对教程进行了很多次优化。这是我们培训事业的一个开始！学习小组办了十几期后，我就开始跟着团队出去讲课了，凭借对新手的问题和学习心理的理解，我很快适应了讲师的角色，对学习小组深怀感恩~当时并没想过会一直有人报名，直到两年后的今天。学习小组帮助了几百人走近生信，有一些朋友中途放弃没有走到最后，也有一些，最终成为了我们的朋友。学习小组对真正需要的人，作用是很强大的~学习内容和预期效果改变对生信望而却步的现状、克服焦虑对生信的总体内容有整体上的把握（学习路线）认识测序技术认识和使用服务器和linux系统（基本工具）学会linux系统和目录操作、初步学习软件安装学会R语言基本操作和数据清理、初步学习作图检查指标--每日提问、学习和完成任务情况。4.关于收费免费的东西往往不被珍惜，我们的时间也很宝贵。学费：每期全体学员总共交350，按人头均分(例如，7人就是50块每人，8人就是45块每人，具体几人按照实际招收人数算)保证金：70元/人，任务完成，每日完成任务后退还。报名请先将保证金交给花花。报名结束后再统一收取学费。奖惩机制每天写作业，完成后退还10元保证金如果你当日未完成作业，次日补上可追回80%保证金。如果中途意外中断>2天，我们会把你移出本期学习小组，可以申请免学费转入下一期学习小组（仅限一次），在下一期中完成了任务，可追回50%保证金。次日上午10点还未完成任务的话，花花将会把你的20%保证金发到群里，让你看着别人抢你的钱（暗爽）4.适合谁学Linux和R语言零基础，最好有生物背景，对PCR，测序、基因组、转录组略知一二。能保证一周的连续坚持，每天学习时间点不规定，但至少2h才能学完并完成每日任务，需要提交作业/笔记，积极交流互动。我们的教程将会尽可能详细，但不可能兼顾所有情况。你必须足够努力，不懂就查，不会就问，不要中途放弃。5.学员报名须知加入不等于学会！需要努力！学习一周，只是入门指路，找准状态，并不能一步登天！资料千千万，可你看不懂，所以请珍惜有人带的这一周!主动交流，不要等着我们收作业，你才说没做完，卡在了哪里。学会搜索，百度”搜狗微信搜索“，按公众号筛选，可以查找我们公众号的历史消息。如果你只是有想学的心，想“收集资料“以后再看，不愿安排并付出时间，这个小组不适合你。生信博大精深，我们只能带路，不能替你学习，自己不努力，没救哦。学会重视集体的力量！学习小组的成员们都是你的小伙伴，讨论学习，不要单打独斗~请放弃以下心理：我只想要资料我问的问题好低级，不好意思问我现在没空，猴年马月再学学完一周我不学了每天完成任务后，在群里@花花作为打卡。6.报名方式添加花花微信，私聊简单介绍自己小助手看到后会给你一个调查问卷，审核后符合要求即可报名成功。现在没有问卷啦，了解清楚就可以报名啦。7.往期学员反馈很长一段时间里没有想过收集反馈，这是从2020年才开始收集的~速来围观七只非常优秀的生信小白学生信，勇敢迈出第一步是什么感觉任何培训都不能带你一飞冲天，但付出总有收获的！初学生信，很荣幸带你迈出第一步。我们是生信星球，一个不拽术语、通俗易懂的生信知识平台。

常有人问两个线上直播课的区别，在这里简单介绍一下：生信入门班：4周总计60小时线上直播课（3699元，错过直播可看回放），学习R语言、linux、芯片数据分析、转录组上下游分析；适合任何生物类专业，需要入门生信、学习数据分析的学员。数据挖掘班：3周总计45小时线上直播课（2899元，错过直播可看回放），学习R语言、芯片数据分析、转录组下游分析；适合医学生、医生或医学相关专业，需要挖掘公共数据或专注组学数据下游分析、画图的学员。生信技能树的粉丝都知道我们有一个全国巡讲的良心学习班，口碑爆棚，生物信息学入门省心省时省力！先看看大家的反馈吧：数据挖掘第一期学习反馈数据挖掘课程能带给你什么收获站在巨人的肩膀上看风景欢迎加入生信技能树小圈子“生信入门过半“感想为什么选择生信技能树生信入门全球听（一个月马拉松式授课）花了那么多时间兜兜转转，我终于找对了门我一路风尘仆仆赶来，还好没和你擦肩2020疫情严重，在保质保量的高标准严要求下，我们教学团队仍然艰苦奋斗把这些好内容全面线上化。不要犹豫了，滑到文末，找到花花的微信，直接扫描二维码进行咨询并且报名参加，2021年的3月1号开课，长达4周直播辅导互动答疑你值得拥有，这绝对会是你人生最正确的决定之一。今年应该是3月份之后根据疫情被控制的情况选择性开启线下全国巡讲哦，敬请期待。我们的生信爆款入门学习班每到一个城市，当地的小伙伴们口碑传播的比我们生信技能树自媒体矩阵还积极！已经打磨成为了标准品，市面上最快速的帮大家系统性入门生物信息学的绝佳课程，下面是2019的宣传推文列表：生信技能树（爆款入门培训课）全国巡讲约你生信技能树（爆款入门培训课）巡讲第一站-重庆

新一波的学习小组出师了，下面是他们的学习反馈~很开心这样的形式能够带给小白们一些收获。目前是每周一期的频率在开，在门前徘徊的小白们可以到碗里来~学习小组的介绍和报名方式戳：生信零基础入门学习小组（点击查看）前几天有位朋友来咨询，一听是零基础入门，不能成为高手，就放弃了。不只是学习小组，任何培训都不能带你一飞冲天，但付出总有收获的！在你学linux和R语言之前，一切有代码的教程都和你无关呀啊，但是学了基础，就可以慢慢扩展学习，网上堆积如山的资料，才能抓住一条绳索去攀登！学生信就是任重而道远，需要方向和努力，不要眼高手低，要行动起来~那朵花的名字叫面码

0.3)能不能把横线加上，能啊，搜。顺便把颜色也加上好了。ggplot(data

就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~

学习小组最近很热闹，又出师了一些新学员，他们通过自己的努力，完成了学习小组的七天任务，快来围观他们，看看学生信迈出第一步的感觉~学习小组的介绍请戳：👉生信零基础入门学习小组往期小组成员的学习感言⤵️速来围观七只非常优秀的生信小白生信小白们的学习感言一份超真诚的生信小白学习旅程分享（其实远不止这些，我只是在办到第37期的时候，看到他们那一期格外活跃，又全员完成了任务，发了公众号反响不错，才开始收集的，37期至今令我怀念，我们学习小组毕业成员组成的”优秀小分队“，最近也开始热闹起来，有了迎新小助手、整理优秀资源小助手、搞事小助手、心理辅导小助手以及分配对象小助手，排名不分先后。。。就在我写推文的时候，分配对象小助手还正在辛勤登记中）Dr.Ku（四川大学）感谢花花和小泽举办的生信星球训练营，这次趁着疫情闲赋在家，把实验室认识的小伙伴一起拉来学习了生信入门知识，不得不说，这个体系对于刚接触生信而言是非常必要的（安装软件各种坑），熟悉Linux、R是非常必要的，这下实验室的服务器终于可以用起来了，哈哈哈！希望生信星球越办越好，干货多多，一起加油！(好几位川大的小伙伴一起来参加的，感谢呼朋唤友呀~)田田田格尔（四川大学）七天的生信学习小组结束啦~

花花导读ing哈！第一次占据导读位置，有点不习惯。今天做了TCGA课程试讲，又是一份新的挑战了。讲到11点没时间写干活分享了，但好想起有位学习小组的学员提交了一份非常走心的学习感想，分享给大家。看看其他人是怎么学习的，有什么收获或者不足，也可以是自己前进的方式之一。你可以是小白，但不可以不行动，想学习就一定要勇敢走出第一步，不要囤积资料，要真·动手学习才行。如果你还在徘徊，不妨看看ta的分享，向ta学习~学习小组介绍链接：生信零基础入门学习小组◀️点击查看另外我们公司也开线上课程了，4月6号开始，点击查看⏬数据挖掘线上班来袭（两天变三周，实力加量）全国巡讲全球听的课程见今日次页咯本文作者是lyl，以下是正文：首先自报一下家门，本人非生物专业，但是学医的也至少懂点生物知识。linux是完全零基础，R语言靠自己瞎摸算是入门了半年，测序知识一知半解。我学会了什么通过生信星球的零基础生信学习小组，首先学会的是学习方法。首先是学习态度。其实我知道有这个小组很久了，只是之前上学担心内容很难，不够时间学习。这次机缘巧合放假这么久没什么特别的事，终于下定决心报名。学完之后，发现也没有那么难。所以第一要放下畏难的心理。有句古话叫做“师傅领进门，修行靠个人”。这个生信小组就相当于一个领进门的角色，但是后续还是需要自己不断地学习。授的是渔，而不是鱼。所以不要指望一周内能学会很多内容，主要是学会方法。不得不说的学习工具思维导图imagemarkdown一开始以为markdown很难，所以一直没有学。用了之后发现，真香。这两种都是很好的学习工具，思维导图帮助理清思路，具体的笔记可以用markdown记下来，记录代码都很方便，建议配合服用。学习方法我们学习，是为了通过学习来解决问题，也就是学习怎么找到解决问题的方法。问别人如果恰好身边有经验丰富的、乐于助人的、时间富足又靠谱的人，那么依靠他解决一些问题是可以的。但是问题是无限的，现实情况是往往只能靠自己。问别人最有用的不是帮助解决了那一两个问题，而是获得解决那一两个问题的途径。比如像得到了讲解测序的视频，一些可以查linux命令的网站，一些靠谱的公众号等等。自己动手搜索找靠谱的搜索引擎，去官方网站，查看帮助文档，记住这几点。试错学习代码的最佳方法就是边运行看结果边学，比单纯背有用。动手试一下就知道这个代码可以干什么。遇到报错了，看看错误是什么，自己先理解一下，改一下代码，还是不行再去搜索或者问别人呀。学到的其他linux是入门了，现在跟着马哥和生信技能树的视频在学。之前看生信技能树的视频一开头就没有看懂，现在可以边看边点头了。R语言的话，是系统地补充了一些理论知识和镜像方面的知识。也补充了很多测序知识，不至于一谈到测序就像门外汉。这一个学习小组用来入门其实真的很赞，系统，有利于打下扎实的基础，对于后面的学习非常有帮助的。最后的最后，感谢生信星球

生信技能树的粉丝都知道我们有一个全国巡讲的良心学习班，口碑爆棚，生物信息学入门省心省时省力！因为2020开春疫情严重，在保质保量的高标准严要求下，我们教学团队仍然艰苦奋斗把这些好内容全面线上化，所以有了大家看到全国巡讲全球听：

20+场“生信入门课”全国巡讲线下培训的历练，探索设计了一套完全适合初学者入门且富有趣味的课程，循序渐进地带你越过初学生信的障碍，用优秀的数据分析与可视化技能为科研和工作增光添彩。从

学习小组38-39期优秀学员感言新的学习小组感言来啦，上次发的37期是全员完成，之后又恢复了日常“优秀率”，1/3～1/2左右的样子，现在是38-39期的合体：这次的学员有一位是中科大少年班的学生，还有一位是武汉一线的医生（本想给她免学费，她说想和其他人一样。）由于她联系报名时刚好是有一周时间，3月初要回到一线忙起来，我就把开始时间提前了，非常开心能为她做点事情。还是日常发一下报名链接：👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇生信零基础入门学习小组长期报名中👆👆👆👆👆👆👆👆👆👆👆👆我在的课题组需要用到基因组和转录组的知识，师长很忙，不可能手把手零基础传授相关技能。生信星球的入门课让我第一次真的动手做生信，从简单又有成就感的操作开始，每天积累。豆豆和花花是个大好人哈哈哈哈。努力锻炼、学习和省钱的昌浩感觉一周的时间真的过得飞快~很早之前就想学生信了，看了一大堆入门的帖子，陆陆续续下载了很多软件，囤积了一大堆材料但是看起来感觉无从下手，感谢花花和豆豆的生信星球，看了他们的资料再结合之前自己乱七八糟看过的东西，有一种豁然开朗的感觉。自己也终于有机会在不搞坏自己的小破本的情况下摸摸linux是什么感觉，R语言也从小小小白变成了小小白，测序知识在学习小组中一天学到的比我之前看了好多杂乱无章的资料都要有用！在接触全新领域之前，自己摸索很容易四处撞墙丧失信心，有了学习小组的帮助下可以不迷茫啦！Verona

user@ip[公共钥匙]：就是~/.ssh/id_rsa.pub这个文件user@ip就是你的服务器用户名和IP例如：ssh-copy-id

秀一下2020年学习小组目前最优秀的一波学员（整整齐齐）,为零基础学员打造的学习小组，从2018年10月发了广告之后，到现在接近一年半的时间，课程迭代更新了三十多次，教了300多人，到上周已经是第37期。只是因为我太佛系（懒），一直没有更新文案。👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇👉生信零基础入门学习小组长期报名中👈👆👆👆👆👆👆👆👆👆👆👆👆👆👆👆学习小组的理念并不在于资料有多好，而是【从零基础到能够基本使用】的转变，给你能看懂的资料、给你deadline、培养行动力和解决问题的思维，最重要的，还有水平相当、任务相同的小伙伴们和了解生信初学者困惑的【豆豆和花花】提供答疑，确保你想学就一定能学得会，这大概就是学习能够延续到现在的原因吧。现在比起最初的学习小组，现在的条件更好一些：课程永久有效，不再使用有效期12小时的临时连接了；linux部分的练习提供服务器，有效期一周，无需自己申请或自备了。37期的表现真的是引以为豪，全员完成了七天作业【超强行动力】，往期七天完成率大概1/3吧，他们真的是格外优秀。我们学习小组基本的要求是【每天拿出两小时学习，连续一周】，这个要求看似简单，实际上很需要毅力。用他们的例子给大家（尤其是生信小白）做个示范，起步不怕晚，坚持就是胜利。问他们谁要上封面，他们表示要集体上。。。所以：（排名不分先后哦）1、茵陈

exist.问题三：还有一种RPM和TPM一样吗？它们的对比可以看：https://reneshbedre.github.io/blog/expression_units.htmlRPM：Reads

必须保证生存资料和表达矩阵，两者一致5all(substring(colnames(exprSet),1,12)==meta$ID)6#>

切割数据用R包caret切割数据，生成的结果是一组代表列数的数字，用这些数字来给表达矩阵和meta取子集即可。1library(caret)2set.seed(12345679)3sam

提问请发邮件由于我们公众号和简书分享了越来越多内容，随之而来的答疑也越来越多，在公众号后台留言、微信咨询和简书简信都有读者咨询，很多沟通是严重无效的，浪费了很多时间，为了减轻我们自己的负担，以后请发邮件联系，其他渠道的咨询都不再回复。花花的微信仅供学习小组、线下培训报名咨询、以及寒暄、闲聊交朋友等等，不再答疑。学习小组：生信零基础入门学习小组长期报名中线下培训：GEO数据挖掘广州专场课程另：公众号教程以外的问题不回答，没礼貌的提问不回答。为什么是邮件呢？为了节省沟通成本，你发微信可能不经过自己的思考，一发十几条，但写邮件是要图文并茂，有前因后果，有代码有截图，一次描述清楚的，也就是说，你是要花时间、精力整理问题的。还有就是有时匆忙中看到了你的微信消息没回复，一忙就忘记了。提问邮件的要求1.答疑暂时免费，因时间精力、知识领域都有限，暂不回答公众号教程以外的问题。2.将问题尽可能具体、详细的整理出来，详细的描述前因后。，报错要有代码和截图，附上教程链接，有的问题乍看不会，在整理的过程中就搞明白了。3.请做一个简单的自我介绍，至少要有院校、姓名，总要让作者知道在回答谁吧，如果你相信我们，就不需要匿名，如果不相信，那为什么要问问题呢？有一部分读者是因为自己的院校不够好才不说出来，请不要有这种顾虑，学校和个人的水平有关系，但不是绝对关系，永远不要嫌弃自己的母校。在我们的零基础入门学习小组已经培养了300多名学员，清北复交、各国留学生都有了，二三流十八线学校的学生也不在少数，在生信领域，大家都是零基础，都是小白啊。我说这个不是为了炫耀，只是保证你绝不会因此受到歧视。我只讨厌伸手党、没礼貌的人，对于愿意学习的“小白”，从来都没有歧视过，只有帮助。闻道有先后，术业有专攻，起步不怕晚，请你有信心！4.有来有回，我回答了你的问题，请你写一篇笔记还给我，哪怕是非常简单的一个问题，什么是数据结构，什么是因子，为什么object

是构建模型的重要参数。解释的残差百分比越高越好，但是构建模型使用的基因的数量也不能太多，需要取一个折中值。2.1挑选合适的λ值计算1000个，画图，筛选表现最好的λ值1cv_fit

最初接触单细胞纯属好奇，那时的我主要任务是无参转录组，自己思考🤔如何构建分析流程。闲来无事，就会看看有什么新鲜的方法，碰巧看上了单细胞分析当然，目前也没有接触实际的课题，只是不断做了知识储备而已观看了隔壁技能树Jimmy录制的视频建议从基础看起，边听边思考边记录http://163.lu/lPs3y11

concordanceindex。C-index在0.5-1之间。0.5为完全不一致,说明该模型没有预测作用,1为完全一致,说明该模型预测结果与实际完全一致。5.切割数据构建模型并预测5.1

21meta=meta[match(substr(colnames(exprSet),1,12),meta$ID),]22head(meta$ID)23#>

就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~

就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~

(!require(RTCGA.clinical))BiocManager::install("RTCGA.clinical")二.miRNAseq数据RTCGA.miRNASeq

"TARGET-ALL-P3"延续前面的例子，我们用的是"TCGA-LUAD"cancer_type="TCGA-LUAD"2.下载临床数据clinical

就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~

这里有豆豆和花花的学习历程，从新手到进阶，生信路上有你有我！花花写于2020.1.2

settings会看到该软件有三个子命令，我们需要的是download。查看download的帮助文档：./gdc-client

cmd，同时在这个函数上点一下鼠标，就跳转到这个函数的具体代码上了【不过不排除有的函数封装的密闭性太好，以至于这样找不到它的源代码】因为函数功能很多，所以代码长是很正常的，只有自己不被吓到就好第二步

bitr其实结果一样，因为都是使用的org.Hs.eg.db数据库，这里只是列一下方法library(clusterProfiler)library(org.Hs.eg.db)gene_tr

x'3.可以再复杂一点大招：layout不用坐标，不用宽高比例，直接用ABCD就行layout

听过了那么多道理，还是过不好这一生；收藏了那么多资料，还是学不会生信分析；拷贝了那么多代码，还是做不出科研图表。没有灵魂的商业培训比比皆是，走心又有趣的线下课程万里挑一！现在，有一个机会摆在你眼前，你看着办咯~生信技能树推出最新课程：R语言与GEO数据库挖掘小班课。

Reductions开始发挥想象力了哈！如果把这个sce对象比作一艘货船，上面就会装载许多集装箱slots（理解为对象接口）

然后使用lapply进行循环(看下lapply的帮助文档就知道，它是对列表或向量进行循环，而apply是对数据框或矩阵操作)library(Seurat)sceList

2018)。这样就能找到每个cluster中的差异表达基因（前提是掩盖掉非生物因素，例如批次信息）。得到的top