《金瓶梅》版本和其他四大名著相比，比较简单，只有三种，即“崇祯本”、“词话本”和张竹坡评本。张竹坡评本以崇祯本为基础加评语，实际属于崇祯本系统，因此《金瓶梅》也可以只分为“词话本”和“崇祯本”两个系统。“词话本”即《新刻金瓶梅词话》100回十卷，为明万历年间刻本，因为书名中有“词话”字样，因此一般称为“词话本”。“崇祯本”即《新刻绣像批评金瓶梅》100回二十卷，为明崇祯年间刻本，因此一般称为“崇祯本”，有插图二百幅。张评本即《张竹坡批评第一奇书金瓶梅》，刊刻于清康熙三十四年，是以崇祯本为底本，文字略有修改，主要增加了近十万言的总评、回评和读法等评论。考虑到词话本和崇祯本都没有批语，只有张竹坡本有批语，因此张竹坡本批语没有比对价值了。而张竹坡本在文字上又与崇祯本基本相同，再把张竹坡本文字和词话本、崇祯本进行比对也意义不大。因此《金瓶梅》文字比对本目前只做“词话本”和“崇祯本”的文字比对，没有批语。
这些人并不专业从事版本研究，只需要对于各种小说的各种版本的差异有个大致了解，只要知道版本分类大致情况，和版本之间的大致差异就可以了，不想了解版本更详细内容。如对于《金瓶梅》版本只要知道《金瓶梅》版本有三种，每种的大致情况就可以了。这是古代小说一般研究人员和学生。对于这部分人，只要看相关版本研究的资料即可，不必为他们提供专门的版本研究资料。第二类人对版本有兴趣，需要知道一些详细情况，但不进行深入研究。这些人也并不专业从事版本研究，但不只是对于各种小说的各种版本的差异有个大致了解就可以了，还想知道版本更详细内容，有时由于研究的需要，也可能需要仔细了解某部小说的版本差异的一些细节情况，但又不想知道太详细了。这些学者无需像版本研究学者那样细致了解各种版本的差异，不像版本研究人员要求那样“深”，但要求“宽”。如对于《金瓶梅》版本，不只要知道《金瓶梅》版本有三种，每种的大致情况就可以了，还要知道三类内文字的差异到底有多大？文字差异大致是什么情况。因此对于这部分人，应该提供对应他们要求的版本研究的专门资料，这样的版本资料只要使他们大致了解版本差异即可，最好是一个全面、概括、清楚、简介的资料，使得他们可以很方便大致了解版本文字的差异，无需进行仔细研究。对于版本研究的专业学者，要求是“精”和“深”，收入的版本数量越多越好。不止要大致知道各类版本的文字差异，还要研究各类版本内部的差异的演变，要研究版本细节。对于《金瓶梅》要研究词话本和崇祯本所有文字的细微差异。因此对这些专业版本研究学者，提供的版本比对要尽量细致，最好要做到逐字比对。就要提供最完整、最详尽的版本研究资料。为此，针对上述第二类和第三类人员，利用数字化比对，分别制作和提供了分栏比对本和逐行比对本两种文字比对本。
要针对不同使用者，完成《金瓶梅》两个版本文字的不同比对结果，最好的办法是数字化比对。即先把两本文字数字化，再利用计算机对两版本的文字进行自动比对，文字相同的对齐，文字不同的错开。计算机比对有两种比对结果，有两种显示方式，分别适合上述两种用户。即一个版本占一栏，下面是词话本和崇祯本第四回“淫妇背武大偷奸 郓哥不愤闹茶肆”部分文字的分栏比对结果。其中描述西门庆和潘金莲初次见面，崇祯本比词话本增加了大段描写。为微信显示方便，每行只9字。实际每行字数可随意调整，如16A4开本排印本每行有40多字，显示很清楚。却说西门｜ 却说西门
庆在房里｜庆口 里
把眼看那｜ 娘
｜子长娘子短
｜只顾白嘈这
这种分栏显示方式可以清楚看出两本文字的大致差异，可以看出崇祯本对词话本文字做的很多删改。但文字到底差别在哪里，实际并不十分清楚。即一个版本占一行，下面是上例词话本（词）和崇祯本（崇）第四回部分文字的逐行比对结果。这种逐行显示方式刚好和前面分栏显示相反，两本文字差异整体上不明显，但文字上下逐字比对，个别文字的具体差别十分清楚。l 词话本“便双膝跪下”，崇祯本改为“红着脸低了头”。l 词话本“妇人便道休说一件便是十件奴也依干娘”，崇祯本删除。l 词话本“我只依着干娘”，崇祯本改为“羞得要不的再说不出来。王婆催逼道：却是怎的快些回覆我？妇人藏转着头低声道：来便是了”。l 词话本“干娘这般费心我到家便取锭银子送来所许之物岂肯昧心”，崇祯本改为“我到家便取银子送来”。至于崇祯本为何要做这些修改，就得人工再仔细分析了。计算机文本比对只能提供文本差异。分栏显示中，版本文字差异整体情况显示清楚，一眼可看出两版本文字差异的大致情况。但文字差异的细节不明显和清楚。逐行显示和分栏显示刚好相反，逐行显示文字差异细节清楚，逐行文字上下比对，可以清楚看出两本文字逐字的差异。但文字差异的整体情况不如分栏比对清楚。在使用这两种比对本时，如是一般研究版本差异，可先用分栏显示观察版本文字差异的整体情况，寻找问题。通过分栏比对发现问题后，再针对个别问题，用逐行比对显示方式，再逐字比对，仔细研究。因此把两种比对本都整理出来，读者可根据自己需要选择。如只是想了解两版本文字的大致差异，可只选分栏比对本。如还想进一步了解两版本文字差异的细节，就再选逐行比对本。其实，得到此两版本任意一种比对本，实际就等于同时获得了词话本和崇祯本，还可以看出两本差异，可谓一举多得。文字加标点对阅读十分方便。但比对中加入文字标点后，对检查文字差异很不利。比对主要是研究文字差异，不是为阅读，因此比对中删除了所有的标点。l 异体字、俗体字。
《金瓶梅》文本最大问题是有大量异体字和俗体字，这些字多数在计算机字库中是没有的。
如对文字要求比较高，这些字就得逐字造字，工作量极大。考虑本书不是正式出版物，只是提供给学者参考，因此就用相近的字代替。
l 色情描写。
一般正式出版时，《金瓶梅》中的色情描写都被删除了。考虑本书是为学术研究所用，因此这些色情文字都予以保留。
l 所有的比对文本都未经过仔细校对，如要正式引用，请务必再与原书核对。
崇祯本有多种，包括：王孝慈旧藏本、北大藏本、天津图书馆藏本、首都图书馆藏本、日本内阁文库（现日本国立文书馆）藏本、日本东京大学东洋文化研究所藏本等。各个版本的插图基本相同，但细节上也略有不同，有的版本印刷的不清楚。由于本书主要是用于比对研究版本的文字，插图只是辅助性质。因此没有固定选用某个版本的插图，而是从上述藏本中，分别选用了图像质量比较好、比较清楚的插图，也就不再一一注明各幅插图的来源。本书为使插图和文本更紧密连接，便于读者阅读，没有把插图单独成册，而采取一般做法，把插图置于每回之前。《金瓶梅》版本数字化已经完成了四种版本，即词话本、崇祯本中的北京大学本、内阁文库本和张评本。由于张竹坡评本是以崇祯本为基础加评语，实际两版本文字差异很小。崇祯本中的北京大学本、内阁文库本文字差异也不大。因此《金瓶梅》计算机自动比对只比对词话本和崇祯本的北大藏本两个系统。两个版本分别录入了简体字和繁体字，这样计算机自动比对就有四种结果，繁体字分栏比对本，繁体字逐行比对本，简体字分栏比对本，和简体字逐行比对本。l 繁体字分栏比对本16开本正文有1,238页，版面文字有207万字。
l 繁体字逐行比对本16开本正文有1,593页，版面文字有261万字。
l 简体字分栏比对本16开本正文有1,204页，版面文字有202万字。
l 简体字逐行比对本16开本正文有1,499页，版面文字有256万字。
特别说明：
l 繁体字录入可靠性不高，未仔细核对。
l 简体字是根据排印本录入，文字可靠性、可读性都比繁体字要好。
古代小说版本数字化是研究古代小说版本的重要工具，计算机自动比对可以显示出版本的文字差异，所有文字差异一字不少，全部可显示出来。计算机自动比对可大大减轻人工比对的劳动，使得学者有更多时间和精力，去从事版本的研究工作。纸本出版物可以清楚显示各个版本的文字差异，对了解主要版本的整体差异很有帮助。当然数字化也不是万能的，数字化比对结果最终还是需要人工去研究分析。计算机只能显示文字差异，而无法进行分析，分析研究还需要人工来进行。因此对数字化既不能否定，也不能估计过高。但数字化肯定对版本研究有很大帮助是不可否认的事实。